Fondato nel 1545 su delibera del Senato della Repubblica Veneta, è il più antico Orto universitario del mondo che abbia conservato nel corso dei secoli il luogo originario e, nonostante qualche modifica, anche le principali caratteristiche scientifiche e architettoniche. Quest orto dallo straordinario valore culturale, scientifico, storico e artistico e naturalistico si trova nel centro storico di Padova, vicino ai più importanti monumenti religiosi, culturali e istituzionali.
All'interno dell'orto si possono contare ben 3500 specie diverse del mondo vegetale che intendono rappresentare, anche se in piccola scala, una parte significativa del regno vegetale.